Multiuser Protein Purification and Sequencing and Peptide Synthesis Center (PuSeSin)

02/05/2020
A Central Multiusuário de Purificação e Sequenciamento de Proteína e Síntese de Peptídeo (PuSeSin) da Faculdade de Ciências de Ribeirão Preto possui uma Infraestrutura Multiusuário que realiza Cromatografia Líquida de Alta Eficiência e Sequenciamento de Proteínas. A coordenadora é a Profa. Dra. Suely Vilela.

 

 

Equipamentos e Serviços


Sistema de Cromatografia Líquida de Alta Eficiência

Sistema de Cromatografia Líquida de Alta Eficiência – Prominence, modelo LC-20A, Shimadzu é um sistema moderno e atende a todas as necessidades para o isolamento de substâncias, pois trabalha com alta pressão. Pode ser usado com colunas de diferentes características (troca iônica, fase reversa, entre outras.), preparativas ou analíticas. Além disso, possui amplas opções para o tipo de tampão a ser empregado, podendo alterar composição, força iônica e até mesmo o pH durante o processo de purificação. Dados de absorbância em diferentes comprimentos de onda e número de tubos são automaticamente obtidos durante o processo de purificação. O equipamento foi cedido pela FAPESP através do Projeto Multiusuário (EMU -2018/23389-4) vinculado ao projeto temático, processo 2011/23236-4 – Toxinas Animais Nativas e Recombinantes: Analise Funcional, Estrutural e Molecular.

 

Sequenciador de proteínas PPSQ-53ª Shimadzu
Sequenciador de proteínas PPSQ-53ª Shimadzu, cliva sequencialmente os aminoácidos N-terminais das proteínas e peptídeos usando a reação de degradação de Edman, e automaticamente injeta os correspondentes aminoácidos em um sistema HPLC. Os cromatogramas obtidos são processados e a sequência de aminoácidos é identificada. O equipamento possui 3 reatores, que operam de forma totalmente automatizada. A detecção é feita por meio de um detector de ultravioleta (SPD-M30A). Opera no modo isocrático, conferindo maior estabilidade e menor consumo de reagentes. Realiza o sequenciamento com pequenas quantidades de proteína (100 pmoles a 1 nmol), e a identificação de até 30-40 resíduos, dependendo da amostra. O equipamento foi cedido pela FAPESP através do Projeto Multiusuário (EMU – 2015/02506-4), vinculado ao projeto temático, processo 2011/23236-4 – Toxinas Animais Nativas e
Recombinantes: Análise Funcional, Estrutural e Molecular.

 

Sintetizador de peptídeos PS3TM
Sintetizador de peptídeos PS3TM, Protein Technologies (Patrimônio 060016951). O PS3TM é um instrumento controlado por microprocessador totalmente automatizado para sintetizar peptídeos usando princípios de síntese
em fase sólida. Ele é projetado para usuários com experiência mínima com síntese de peptídeos. O PS3TM permite flexibilidade total na escolha da escala de síntese, condições de acoplamento, condições de desproteção, etapas de lavagem e volumes de reagentes. Protocolos químicos padrão estão incluídos no software e reagentes pré-pesados para esses protocolos são fornecidos pelo fabricante em recipientes descartáveis convenientes. O equipamento foi cedido pela FAPESP através do projeto temático, processo 2011/23236-4 – Toxinas Animais Nativas e Recombinantes: Análise Funcional, Estrutural e Molecular.
Este equipamento não é multiusuário Fapesp.

 

Gestão, Requisitos e Informações Gerais ao Usuário

Sistema de Cromatografia – HPLC
1.Gestão
As solicitações de agendamento serão feitas pelo email: thiago@fcfrp.usp.br (Thiago Abrahão Silva), membro titular do comitê gestor.
Em casos de desistência, os agendamentos deverão ser cancelados com um mínimo de 72 horas de antecedência. As desistências após esse período terão retenção de 30% do valor da análise, em caráter de multa. Períodos de indisponibilidade, para manutenção periódica ou outros impedimentos de uso, serão indicados na página do equipamento.
Usuários externos em projetos de longa duração (demandando análises com maior frequência) poderão, diretamente com o Comitê Gestor, discutir a viabilidade do uso, periodicidade das análises e formas de pagamento. Não obstante, deverá ser feito o agendamento via email e preenchimento do formulário para as análises individuais.
A tabela de preços será organizada por tipo de análise a ser disponibilizada pelo equipamento e por tipo de usuário. Ela será elaborada e mantida atualizada com a finalidade de custear os gastos diretos com consumo e também a depreciação do equipamento, estimada por meio das previsões de manutenção do equipamento (serviço técnico de manutenção preventiva, consumíveis de longo prazo e eventuais manutenções corretivas para problemas após o prazo de garantia). Eventuais taxas administrativas também comporão os valores tabelados.
As análises não incluirão: (i) as etapas de preparo das amostras, (ii) o pós-tratamento dos dados gerados e (iii) a interpretação qualitativa ou quantitativa dos resultados. As análises serão aprovadas pelo Comitê Gestor, com base no adequado preenchimento do formulário de análise, conforme requisitado para o tipo de análise solicitada, no momento do agendamento.
As análises solicitadas em desacordo com os critérios ou requisitos de operação do instrumento deverão ser recusadas pelo Comitê Gestor. Da mesma maneira, a apresentação de amostras que se mostrarem impróprias ao uso terão sua injeção cancelada quer seja: (i) a partir da inspeção visual de, no mínimo, um dos técnicos especialista, ou, (ii) após o início das injeções, por meio do aparecimento de problemas ou resultados que demonstrem risco de dano ao sistema analítico.
Amostras submetidas em desacordo com as instruções e que tiverem suas características potencialmente danosas omitidas no formulário de solicitação, em caso de causarem problemas no equipamento, serão submetidas a laudo técnico. Neste caso, comprovado o dano ao equipamento, por omissão, imperícia ou negligência do usuário solicitante do uso compartilhado, este será legalmente encarregado dos custos de reparo do equipamento.
O equipamento será operado pelo usuário sob a supervisão dos técnicos, sendo que o usuário deverá ter experiência e/ou treinamento prévio.
Os técnicos responsáveis pela supervisão dos usuários são: Thiago Abrahão Silva, e-mail thiago@fcfrp.usp.br ou Adelia Cristina de Oliveira Cintra, email: accintra@fcfrp.usp.br .
Casos omissos deverão ser apresentados para análise do Comitê Gestor.

 

2.Requisitos e informações gerais ao usuário
– Os usuários deverão apresentar método estabelecido para a aplicação específica a ser feita com o equipamento. Não será função dos técnicos especializados o desenvolvimento de métodos para cada aplicação.
– Os usuários serão responsáveis pelo fornecimento de material específico para efetuar as análises solicitadas (padrões, colunas, filtros, vials, vidrarias, fases móveis, reagentes), quer seja pela compra ou pela reposição de todo o material de consumo especificamente usado nas análises.
– Os usuários, quando acompanharem as análises, deverão atender estritamente às normas de segurança, procedimentos e horários do laboratório.
– O agendamento multiusuário deverá ser efetuado com pelo menos 07 dias de antecedência à previsão da data de uso. Em casos excepcionais, justificados e avaliados pelo Comitê Gestor, o agendamento será aprovado para ser efetuado em data inferior a esta antecedência de 07 dias.
– No formulário de solicitação de análise, deverá estar identificado o projeto de pesquisa cujas análises estarão vinculadas, bem como o responsável por esse projeto.
– Os técnicos especialistas, membros do Comitê Gestor, examinarão as solicitações de uso do equipamento. Se houver entendimento de que as análises possam ser prejudiciais ao equipamento ou não pertinentes à técnica, o uso do mesmo poderá ser negado.
– As amostras de matrizes complexas (biológicas, ambientais, alimentares, etc) devem ser submetidas ao adequado processo de extração e/ou preparo de amostras. Esse procedimento de preparo deve ser adequadamente descrito no formulário de requisição/agendamento de análise. Observa-se que o equipamento em questão se trata de um sistema de cromatografia.
Dessa forma, salienta-se que a presença de materiais ou substâncias impróprias ou incompatíveis na amostra final a ser introduzida no sistema poderá causar sérios danos ao equipamento e com elevados custos para reparo.
– As análises devem ter o seu objetivo claramente descrito: determinação de analito(s) específico(s), comprimento de onda de interesse, fase móvel adequada para a detecção, a presença de sais, tampões e demais interferentes que possam danificar o sistema
cromatográfico.
– As amostras devem estar livres de sais ou tampões não voláteis, ácidos inorgânicos e surfactantes (detergentes).
– As amostras devem estar solubilizadas em água purificada; em solvente orgânico volátil apropriado, como metanol ou acetonitrila; ou em misturas desses solventes. Não se recomenda o uso de solventes DMSO ou DMF, óleos e graxas, detergentes e surfactantes. O uso destes últimos estará sujeito a aprovação pelo Comitê Gestor, mediante justificativa de uso pelo solicitante, no formulário de requisição.
– As amostras poderão conter ácidos, sais ou tampões voláteis, desde que em concentrações compatíveis com o uso, por exemplo: ácido fórmico, ácido acético, ácido ortofosfórico, acetato de amônio. Esses constituintes deverão ser informados (tipo e concentração) no formulário de solicitação da análise. Outros constituintes não indicados anteriormente também deverão ser
relacionados no formulário de solicitação.
– Os resultados das análises (arquivos digitais) estarão disponíveis para os multiusuários por um período de 30 dias. Não havendo a solicitação do usuário, após esse período, os dados (arquivos digitais) poderão ser permanentemente descartados.
– Preencher o formulário de encaminhamento de amostra.

 

Sistema de Sequenciamento N-terminal de Proteínas e Peptídeos.
1.Gestão
As solicitações de agendamento serão feitas pelo email: thiago@fcfrp.usp.br (Thiago Abrahão Silva), membro titular do comitê gestor.
Em casos de desistência, os agendamentos deverão ser cancelados com um mínimo de 72 horas de antecedência. As desistências após esse período terão a retenção de 30% do valor da análise, em caráter de multa. Períodos de indisponibilidade, para manutenção periódica ou outros impedimentos de uso, serão indicados na página do equipamento.
A tabela de preços foi organizada e elaborada com a finalidade de custear os gastos diretos com consumo e também a depreciação do equipamento, estimada por meio das previsões de manutenção do equipamento (serviço técnico de manutenção preventiva, consumíveis de longo prazo e eventuais manutenções corretivas para problemas após o prazo de garantia).
Eventuais taxas administrativas também comporão os valores tabelados.
As análises não incluirão as etapas de preparo das amostras, que deverão estar em elevado grau de pureza, comprovada pela apresentação de uma eletroforese de proteínas ou peptídeos e pelo cromatograma em HPLC. Será fornecido o resultado da sequência de aminoácidos obtida.
As análises serão aprovadas pelo Comitê Gestor, com base no adequado preenchimento do formulário de análise, conforme requisitado para o tipo de análise solicitada, no momento do agendamento.
As análises solicitadas em desacordo com os critérios ou requisitos de operação do instrumento deverão ser recusadas pelo Comitê Gestor. Da mesma maneira, a apresentação de amostras que se mostrarem impróprias ao uso terão suas análises canceladas quer seja: (i) a partir da inspeção visual de, no mínimo, um dos técnicos especialista, ou, (ii) após o início das injeções, por meio do aparecimento de problemas ou resultados que demonstrem risco de dano ao sistema analítico, ou (iii) por não apresentarem a comprovação do grau de pureza da amostra.
Amostras submetidas em desacordo às instruções e que tiverem suas características potencialmente danosas omitidas no formulário de solicitação, em caso de causarem problemas no equipamento, serão submetidas a laudo técnico. Neste caso, comprovado o dano ao equipamento, por omissão, imperícia ou negligência do usuário solicitante do uso compartilhado, este será legalmente encarregado dos custos de reparo do equipamento.
As análises serão realizadas pelo especialista: – Thiago Abrahão Silva, e-mail: thiago@fcfrp.usp.br .
Na sua ausência as análises serão realizadas pela especialista, Adélia Cristina de Oliveira Cintra, email: accintra@fcfrp.usp.br .
Casos omissos deverão ser apresentados para análise do Comitê Gestor.

 

2. Requisitos e informações gerais ao usuário
– Os usuários deverão apresentar previamente à realização da análise, o cromatograma em HPLC e a eletroforese em gel de poliacrilamida da amostra, comprovando a pureza da amostra.
– Os usuários serão responsáveis pelo fornecimento de material seco/liofilizado em quantidade mínima de 100 ug de proteína/peptídeo, dependendo do número de resíduos de aminoácidos a serem identificados.
– No formulário de solicitação de análise, deverá estar identificado o projeto de pesquisa cujas análises estarão vinculadas, bem como o responsável por esse projeto.
– Os técnicos especialistas examinarão as solicitações de sequenciamento. Se houver entendimento de que as análises possam ser prejudiciais ao equipamento ou não pertinentes à técnica, a análise poderá não ser realizada.
– As amostras de matrizes complexas (biológicas, ambientais, alimentares, etc) devem ser submetidas ao adequado processo de extração e/ou preparo de amostras. Esse procedimento de preparo deve ser adequadamente descrito no formulário de requisição/agendamento de análise. Observa-se que o equipamento em questão também se trata de um sistema de cromatografia. Dessa forma, salienta-se que a presença de materiais ou substâncias impróprias ou incompatíveis na amostra final a ser introduzida no sistema poderá causar sérios danos ao equipamento e com elevados custos para reparo.
– As análises devem ter o seu objetivo claramente descrito: número de aminoácidos a serem identificados e a presença de sais, tampões e demais interferentes que possam danificar o sistema cromatográfico ou o percurso da análise.
– As amostras devem estar livres de sais ou tampões não voláteis, ácidos inorgânicos e surfactantes (detergentes).
– Os resultados das análises (arquivos digitais) serão enviados dentro do prazo de 5 dias úteis após o termino da análise e estarão salvos para os multiusuários por um período de 30 dias.
Não havendo a solicitação do usuário, após esse período, os dados (arquivos digitais) poderão ser permanentemente descartados.
Preencher o formulário de encaminhamento de amostra.

 

Sintetizador de peptídeos
1.Gestão
As solicitações de agendamento serão feitas pelo email: thiago@fcfrp.usp.br (Thiago Abrahão Silva), membro titular do comitê gestor.
O agendamento deverá ser feito via email e com o preenchimento do formulário adequado para síntese de peptídeos.
Em casos de desistência, os agendamentos deverão ser cancelados com um mínimo de 72 horas de antecedência. As desistências após esse período terão retenção de 30% do valor da análise, em caráter de multa. Períodos de indisponibilidade, para manutenção periódica ou outros impedimentos de uso, serão indicados na página do equipamento.
A tabela de preços foi elaborada e mantida atualizada com a finalidade de custear os gastos diretos com consumo e também a depreciação do equipamento, estimada por meio das previsões de manutenção do equipamento (serviço técnico de manutenção preventiva, consumíveis de longo prazo e eventuais manutenções corretivas para problemas após o prazo de garantia). Eventuais taxas administrativas também comporão os valores tabelados.
As análises serão aprovadas pelo Comitê Gestor, com base no adequado preenchimento do formulário de análise, conforme requisitado para o tipo de análise solicitada, no momento do agendamento.
O equipamento será operado pela Dra. Adélia de Oliveira Cintra, email: accintra@fcfrp.usp.br e na sua ausência pelo especialista Thiago Abrahão Silva, e-mail thiago@fcfrp.usp.br .
Casos omissos deverão ser apresentados para análise do Comitê Gestor.

 

2. Requisitos e informações gerais ao usuário
– No formulário de solicitação de análise, deverá estar identificado o projeto de pesquisa cujas análises estarão vinculadas, bem como o responsável por esse projeto.
– O usuário fornecerá a sequência do peptídeo a ser sintetizado, a qual deverá ser informada no formulário de encaminhamento da amostra – Sintetizador.
– O custo da síntese do peptídeo está composto pela soma do valor intrínseco (manutenção do equipamento e gases) + gastos com reagentes por ciclo + Fmoc X (número de resíduos de aminoácidos do peptídeo) + resina, dependendo da escala escolhida.
– O usuário receberá ao final da síntese o peptídeo bruto (não purificado), ficando a purificação sob a responsabilidade do mesmo.
– Preencher o formulário de encaminhamento de amostra.

 

Reconhecimento à FAPESP
Conforme o Termo de Outorga da FAPESP, os trabalhos a serem publicados, bem como, teses, dissertações e monografias os quais fizerem uso do Sistema de cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) deverão mencionar o Auxílio à Pesquisa – Programa Equipamentos Multiusuários (EMU) FAPESP Processo 2018/23389-4.
Solicita-se envio de uma cópia do trabalho publicado em periódico ou anais de congresso, na íntegra, para a Profa. Suely Vilela. No caso de teses e dissertações, solicita-se cópia da capa interna e agradecimentos (onde constar o apoio da FAPESP por meio do EMU).
Segundo a FAPESP, os documentos em português deverão indicar o apoio da FAPESP conforme o seguinte modelo: processo nº 2018/23389-4, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP).
Os artigos e demais documentos escritos em idioma estrangeiro deverão indicar o apoio da FAPESP em inglês, conforme o seguinte modelo: grant #2018/23389-4, São Paulo Research Foundation (FAPESP).
Os gestores desse projeto emitirão relatório à FAPESP, listando os multiusuários deste EMU. Dessa forma, esses gestores se eximem de qualquer sanção da FAPESP aos usuários finais, se estes não fizerem o devido reconhecimento ao apoio da FAPESP por meio deste EMU.

 

 

Horário de Atendimento

Segunda a Sexta-feira: das 8:00 às 12:00 e das 13:00 às 17:00 h

 

 

Usuários

A utilização dos equipamentos é aberta preferencialmente aos docentes e alunos de pós-graduação da FCFRP-USP e demais unidades da Universidade de São Paulo (USP). De acordo com a disponibilidade de horários, a utilização poderá ser expandida para outros usuários externos, como docentes e alunos de outras instituições de ensino e pesquisa, além de laboratórios diversos, empresas ou indústrias interessadas.

 

 

Localização

Os equipamentos estão instalados na Sala 05 do Bloco N da FCFRP-USP.

 

 

Contato

Thiago Abrahão Silva
Email: thiago@fcfrp.usp.br
Tel: (16) 3315-4287

 

Adélia Cristina Oliveira Cintra
Email: accintra@fcfrp.usp.br
Tel: (16) 3315-4714

 

 

Pagamentos

Os valores das análises serão determinadas tendo como base as despesas com manutenção do equipamento (serviço técnico de manutenção preventiva, consumíveis de longo prazo e eventuais manutenções corretivas para problemas após o prazo de garantia).
O pagamento deverá ser realizado na Seção de Tesouraria da FCFRP – USP, junto ao Centro de Despesa do Laboratório de Toxinologia.
Para valores, a tabela atualizada de preços encontra-se abaixo.

 

 

Documentos

– Formulário de encaminhamento de amostra para Sequenciamento de Proteína e Peptídeo
– Formulário de encaminhamento de amostra para cromatografia HPLC
– Formulário de encaminhamento para síntese de peptídeo
– Tabela de Custo